標準的手術室都做了凈化系統。手術室凈化從百級到10萬級等凈化，凈化手術室配備了初效過濾器和中效過濾器，末端配必須配備高效過濾器。過濾0.1微米上的灰塵顆粒。凈化標準以處理0.5微米灰塵顆粒數量作為等級。通常手術室在百級和10萬級之間。因為細菌和病毒都是浮著在空氣中的灰塵顆粒進行傳播。
只要把空氣中的灰塵顆粒過濾的就可以實現，把細菌和病毒隔離開，從而做到相對無菌環境。所以不需要再安裝消毒機，還有一點在于凈化手術室都是做了層流流向，空氣消毒機的風向會影響到風的風向，從而影響手術的整體設計。